为落实关于长江经济带生态环境保护和黄河流域治理保护的决策部署，坚持共抓大保护、不搞大开发、推进大治理，在落实长江经济带小水电清理整改行动的基础上，为进一步促进小水电持续健康发展，国家能源局牵头起草了《促进小水电持续健康发展的指导意见（征求意见稿）》（下称《征求意见稿》）。11月13日，国家能源局综合司对外发布《征求意见稿》，正式向社会公开征求意见。
《征求意见稿》总体目标为：加强水电行业发展规划、流域综合规划及水电专项规划对小水电发展的约束和引领作用，合理布局小水电；保持规划及规划环评与项目的联动，强化生态环境保护措施落实；加强全生命周期工程安全和环境管理，促进河流生态保护与修复；完善和规范小水电健康发展的管理制度和监管体系，推进监测监督体系建设。
《征求意见稿》明确提出4个基本原则：
“生态优先，协调发展。”从维护河流生态安全的高度，充分认识生态保护的重要性和紧迫性，把生态优先原则贯穿于河流水电规划以及小水电建设、运行和退役的全过程，协调推进小水电发展和生态环境保护。
“统筹规划，优化布局。”小水电开发必须坚持“先规划后开发”，充分发挥规划的引领作用，注重流域综合规划、水电专项规划以及规划环评的统筹，优化小水电开发布局，对具有重要生态功能的河段予以避让，处理好开发和保护的关系。
“依法依规，科学推进。”正确把握生态环境保护、经济社会发展、社会和谐稳定之间的关系，在依法依规的基础上，充分尊重历史，坚持市场化原则，科学引导小水电向生态友好、健康可持续的方向发展。
“明确责任，创新监管。”明确各级政府、各部门及建设单位职责，加强协调配合，推动科学管理，建立健全上下联动、部门协作、责任清晰、高效有力的工作机制。充分利用大数据、物联网等信息化手段加强监测，创新监管体系。
在具体措施方面，《征求意见稿》明确，将创新管理体制机制：
一是依法治理违规电站。在有关部门组织开展排查摸底的基础上，以河流或县级区域为单元组织开展综合评估，提出退出、整改或保留的评估意见，特别是对无规划、无环评手续、未经审批核准开工的小水电项目要建立台账，逐一进行清理整改；对于存在突出环境和安全问题的小水电项目，要限期退出或整改，构成犯罪的要依法追究相关责任。
二是建立小水电可持续评价和绿色认证制度。通过分析国际水电环境认证制度、可持续性评估规范和现行的相关技术标准，结合我国小水电的特点和存在的问题，从环境保护、社会影响、管理水平、经济效益等方面建立小水电可持续评价指标体系和绿色认证制度，根据评价结果给予行业先进水平的小水电以经济、政策或技术方面的激励。通过可持续评价或绿色认证的小水电，可纳入绿色电力证书交易体系，电网企业应依法全额收购其上网电量，并及时足额结算电费。
三是不断完善环境保护监督管理机制。积极推进流域环境综合管理运行机制研究，探索适应多业主情况下梯级电站的统一管理模式，建立流域水电开发环境保护管理机制。流域水电开发企业原则上应成立统一的流域环保管理机构，对流域环保工作实行综合管理。对多企业水电开发的流域，应由主要水电开发企业联合其他企业成立流域环境保护管理机构，制定有效的环境保护管理制度和办法，组织落实并协调流域环境保护措施。地方政府应研究建立有利于生态环境保护的小水电上网机制，引导电站主动落实环保措施。对未落实电站运行和环境保护有关要求的小水电，研究纳入电力领域失信联合惩戒对象名单，电网企业不得接纳上网，银行不得给予融资支持。
四是建立小水电退出机制。结合可持续水电评价指标体系，逐步推行小水电破坏生态环境惩罚退出机制。对符合基本项目建设程序，但存在严重影响防洪安全、生态环境破坏严重、存在重大安全隐患的小水电项目，由主管部门依法依规提出处理意见并限期整改。对拒不整改或整改后仍不能满足要求的项目，主管部门应吊销其取水许可证、发电许可证，停止上网，并责令其腾空库容及停止运行。以流域或县域为单元，引导和鼓励早期建设的、安全隐患大、经济效益低、环境影响大、敏感程度高、无法进行升级改造的小水电站实行逐步淘汰退出，修复河道的天然生境。地方政府应结合自身实际，建立多元化、市场化的小水电退出补偿机制。
另外，《征求意见稿》还提出了加强规划指导作用、规范工程建设管理、科学开展运行管理等措施。